Skin or bone? Assessing microsatellite genotyping success in puma concolor and lycalopex gymnocercus samples from argentinean natural history collections

Autores
Gallo, Orlando; Popp, Albertina Inés; Elichiry, Franco; Sidorkewicj, Nora Silvia; Castillo, Diego Fabián
Año de publicación
2026
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Biological material stored in Natural History Collections (NHCs) represents a key source of datafor genetic studies, although specimen age (year of collection) and preservation methods may afect DNA integrity. We investigated microsatellite genotyping success of DNA isolated from 265 soft (skin) and hard (bone) samples of puma Puma concolor and Pampas fox Lycalopex gymnocercus specimens (collected between 1905 and 2022) from Argentinean NHCs. Overall, 43.8% of the samples were successfully genotyped, with significantly higher success for those collected after 1989 than up until the same year (62.8% vs. 17.9%). When comparing sample types, skin exhibited a signicantly higher success rate than bone samples (51.8% vs. 37.8%). Limited to the Pampas fox, we found no signicant dierences in DNA concentration between genotyped and non-genotyped samples, while a slight negative correlation was observed between DNA concentration and sample age. We report simple and effcient sampling protocols, which could be widely applied for futurestudies based on biological material from NHCs. The advantages of skin sampling are twofold: it is only minimally afecting specimen integrity, especially for medium- to large sized carnivore mammal species, and it offers a suitable source of DNA from specimens hosted within collections for less than 30 years. However, the bone sampling approach we propose may provide a more reliable source of DNA for older specimens.
El material biológico depositado en Colecciones de Historia Natural (CHN) constituye una fuente invalorable de datos para estudios genéticos, a pesar de que la antigüedad de los especímenes (año de colecta) y los métodos de preservación pueden afectar la integridad del ADN. Investigamos el éxito de genotipado de microsatélites a partir de ADN aislado de 265 muestras (cueros y huesos) de puma (Puma concolor) y zorro pampeano (Lycalopex gymnocercus), colectados entre 1905 y 2022 en CHN de Argentina. En conjunto, el 43,8% de las muestras fueron genotipadas, con un éxito signi cativamente mayor en aquellas colectadas a partir de 1990, en comparación con las obtenidas antes de ese año (62,8% vs.17,9%). Al comparar los tipos de muestra, los cueros mostraron un éxito significativamente superior al de los huesos (51,8% vs. 37,8%). En el caso del zorro, no se encontraron diferencias significativas en la concentración de ADN entre las muestras genotipadas y no genotipadas, aunque se observó una leve correlación negativa entre la concentración de ADN y la antigüedad de la muestra. En este trabajo presentamos protocolos de muestreo simples y eficientes, que pueden aplicarse en futuros estudios basados en material biológico de CHN. Entre las ventajas del muestreo de cueros, se puede mencionar que este afecta mínimamente la integridad del espécimen —especialmente en mamíferos carnívoros de tamaño mediano a grande— y ofrece una fuente adecuada de ADN en ejemplares alojados en colecciones por menos de 30 años. Por otra parte, el método de muestreo óseo que proponemos constituiría una fuente más confiable de ADN en especímenes antiguos.
Fil: Gallo, Orlando. Universidad de Porto; Portugal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
Fil: Popp, Albertina Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur; Argentina
Fil: Elichiry, Franco. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur; Argentina
Fil: Sidorkewicj, Nora Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur; Argentina
Fil: Castillo, Diego Fabián. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Bahía Blanca. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur. Universidad Nacional del Sur. Departamento de Biología, Bioquímica y Farmacia. Instituto de Ciencias Biológicas y Biomédicas del Sur; Argentina
Materia
ADN HISTÓRICO
CARNÍVOROS
MUSEOS
COLECCIONES BIOLÓGICAS
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/ar/
Repositorio
CONICET Digital (CONICET)
Institución
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
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Overall, 43.8% of the samples were successfully genotyped, with significantly higher success for those collected after 1989 than up until the same year (62.8% vs. 17.9%). When comparing sample types, skin exhibited a signicantly higher success rate than bone samples (51.8% vs. 37.8%). Limited to the Pampas fox, we found no signicant dierences in DNA concentration between genotyped and non-genotyped samples, while a slight negative correlation was observed between DNA concentration and sample age. We report simple and effcient sampling protocols, which could be widely applied for futurestudies based on biological material from NHCs. The advantages of skin sampling are twofold: it is only minimally afecting specimen integrity, especially for medium- to large sized carnivore mammal species, and it offers a suitable source of DNA from specimens hosted within collections for less than 30 years. However, the bone sampling approach we propose may provide a more reliable source of DNA for older specimens.El material biológico depositado en Colecciones de Historia Natural (CHN) constituye una fuente invalorable de datos para estudios genéticos, a pesar de que la antigüedad de los especímenes (año de colecta) y los métodos de preservación pueden afectar la integridad del ADN. Investigamos el éxito de genotipado de microsatélites a partir de ADN aislado de 265 muestras (cueros y huesos) de puma (Puma concolor) y zorro pampeano (Lycalopex gymnocercus), colectados entre 1905 y 2022 en CHN de Argentina. En conjunto, el 43,8% de las muestras fueron genotipadas, con un éxito signi cativamente mayor en aquellas colectadas a partir de 1990, en comparación con las obtenidas antes de ese año (62,8% vs.17,9%). Al comparar los tipos de muestra, los cueros mostraron un éxito significativamente superior al de los huesos (51,8% vs. 37,8%). En el caso del zorro, no se encontraron diferencias significativas en la concentración de ADN entre las muestras genotipadas y no genotipadas, aunque se observó una leve correlación negativa entre la concentración de ADN y la antigüedad de la muestra. En este trabajo presentamos protocolos de muestreo simples y eficientes, que pueden aplicarse en futuros estudios basados en material biológico de CHN. Entre las ventajas del muestreo de cueros, se puede mencionar que este afecta mínimamente la integridad del espécimen —especialmente en mamíferos carnívoros de tamaño mediano a grande— y ofrece una fuente adecuada de ADN en ejemplares alojados en colecciones por menos de 30 años. Por otra parte, el método de muestreo óseo que proponemos constituiría una fuente más confiable de ADN en especímenes antiguos.Fil: Gallo, Orlando. Universidad de Porto; Portugal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Popp, Albertina Inés. 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El material biológico depositado en Colecciones de Historia Natural (CHN) constituye una fuente invalorable de datos para estudios genéticos, a pesar de que la antigüedad de los especímenes (año de colecta) y los métodos de preservación pueden afectar la integridad del ADN. Investigamos el éxito de genotipado de microsatélites a partir de ADN aislado de 265 muestras (cueros y huesos) de puma (Puma concolor) y zorro pampeano (Lycalopex gymnocercus), colectados entre 1905 y 2022 en CHN de Argentina. En conjunto, el 43,8% de las muestras fueron genotipadas, con un éxito signi cativamente mayor en aquellas colectadas a partir de 1990, en comparación con las obtenidas antes de ese año (62,8% vs.17,9%). Al comparar los tipos de muestra, los cueros mostraron un éxito significativamente superior al de los huesos (51,8% vs. 37,8%). En el caso del zorro, no se encontraron diferencias significativas en la concentración de ADN entre las muestras genotipadas y no genotipadas, aunque se observó una leve correlación negativa entre la concentración de ADN y la antigüedad de la muestra. En este trabajo presentamos protocolos de muestreo simples y eficientes, que pueden aplicarse en futuros estudios basados en material biológico de CHN. Entre las ventajas del muestreo de cueros, se puede mencionar que este afecta mínimamente la integridad del espécimen —especialmente en mamíferos carnívoros de tamaño mediano a grande— y ofrece una fuente adecuada de ADN en ejemplares alojados en colecciones por menos de 30 años. Por otra parte, el método de muestreo óseo que proponemos constituiría una fuente más confiable de ADN en especímenes antiguos.
Fil: Gallo, Orlando. Universidad de Porto; Portugal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina
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