Assessment of genetic diversity and relatedness in an Andean Potato collection from Argentina by high-density genotyping

Autores
Sucar, Sofia; Carboni, Martin Federico; Rey, María Florencia; Castellote, Martín Alfredo; Massa, Gabriela Alejandra; Monte, Marcelo Nicolás; Feingold, Sergio Enrique
Año de publicación
2022
Idioma
inglés
Tipo de recurso
artículo
Estado
versión publicada
Descripción
Native potatoes are the most diverse among cultivated potato species and thus constitute a valuable source for identifying genes for potato improvement. Nevertheless, high-density mapping, needed to reveal allelic diversity, has not been performed for native Argentinian potatoes. We present a study of the genetic variability and population structure of 96 Andigena potatoes from Northwestern Argentina performed using a subset of 5035 SNPs with no missing data and full reproducibility. These high-density markers are distributed across the genome and present a good coverage of genomic regions. A Bayesian approach revealed the presence of: (I) a major group comprised of most of the Andean accessions; (II) a smaller group containing the out-group cv. Spunta and the sequenced genotype DM; and (III) a third group containing colored flesh potatoes. This grouping was also consistent when maximum likelihood trees were constructed and further confirmed by a principal coordinate analysis. A group of 19 accessions stored as Andean varieties clustered consistently with group Tuberosum accessions. This was in agreement with previous studies and we hypothesize that they may be reintroductions of European-bred long day-adapted potatoes. The present study constitutes a valuable source for allele mining of genes of interest and thus provides a tool for association mapping studies.
EEA Balcarce
Fil: Sucar, Sofía. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Balcarce. Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Sucar, Sofía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Carboni, Martín Federico. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina
Fil: Carboni, Martín Federico. Museo Argentino de Ciencias Naturales "Bernardino Rivadavia"; Argentina
Fil: Rey, María Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Balcarce. Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Rey, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Rey, María FLorencia. Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP). Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
Fil: Castellote, Martín Alfredo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Balcarce. Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Castellote, Martín Alfredo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Massa, Gabriela Alejandra. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Balcarce. Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Massa, Gabriela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Massa, Gabriela Alejandra. Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP). Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina
Fil: Monte, Marcelo Nicolás. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Balcarce. Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Monte, Marcelo Nicolás. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Feingold, Sergio Enrique. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Balcarce. Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fil: Feingold, Sergio Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Innovación para la Producción Agropecuaria y el Desarrollo Sostenible (IPADS); Argentina
Fuente
Horticulturae 8 (1): 54
Materia
Genetic Diversity (resource)
Genotyping
Germplasm
Diversidad Genética (recurso)
Genotipado
Germoplasma
Argentina
Andean Potato
Papa Andina
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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These high-density markers are distributed across the genome and present a good coverage of genomic regions. A Bayesian approach revealed the presence of: (I) a major group comprised of most of the Andean accessions; (II) a smaller group containing the out-group cv. Spunta and the sequenced genotype DM; and (III) a third group containing colored flesh potatoes. This grouping was also consistent when maximum likelihood trees were constructed and further confirmed by a principal coordinate analysis. A group of 19 accessions stored as Andean varieties clustered consistently with group Tuberosum accessions. This was in agreement with previous studies and we hypothesize that they may be reintroductions of European-bred long day-adapted potatoes. The present study constitutes a valuable source for allele mining of genes of interest and thus provides a tool for association mapping studies.EEA BalcarceFil: Sucar, Sofía. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). 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