Estudios genéticos en poblaciones de especies forrajeras adaptadas a Regiones Extra-pampeanas de la Argentina

Autores
Randazzo, Cecilia Paola
Año de publicación
2015
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
tesis doctoral
Estado
versión aceptada
Colaborador/a o director/a de tesis
Andrés, Adriana (directora)
Pagano, Elba Maria (codirectora)
Ingala, Lorena Romina (codirectora)
Descripción
Tesis para optar el título de Doctora en Ciencias Aplicadas, de la Universidad Nacional de Luján, en 2015
Las especies forrajeras subtropicales, adaptadas a las distintas condiciones de las regiones NEA, NOA y Semiárida Central, son estratégicas para el desarrollo de la ganadería regional y nacional. Los programas de mejoramiento genéticos de estas especies son recientes y la disponibilidad de marcadores moleculares como los SSR, podría contribuir a una caracterización más exacta de la variabilidad genética disponible. En este contexto, se realizó la amplificación cruzada de SSR en Digitaria eriantha, Setaria sphacelata y Trichloris crinita. Los SSR desarrollados por transferencia fueron evaluados en diferentes materiales de cada una de las especies. Los análisis de agrupamiento se realizaron con UPGMA, basados en los coeficientes de similitud Dice (Digitaria y Setaria) y Jaccard (Trichloris) y las relaciones genéticas fueron visualizadas mediante dendogramas. En Digitaria eriantha, la transferencia fue 7% del total de los SSR evaluados, siendo los SSR diseñados en Digitaria exilis (36%), Cenchrus ciliaris (27%) y Panicum maximum (18%) los que mayor transferencia presentaron. El nivel de polimorfismo fue de 95%. Los individuos se clasificaron en cuatro grupos. El AMOVA mostró que la variabilidad genética fue de 61% entre las poblaciones (grupos) y el 39% dentro de las mismas. En Setaria sphacelata se transfirió un 40% de SSR desarrollados en Setaria italica, con un polimorfismo del 85%. Los cultivares se diferenciaron genéticamente y el material experimental “selección INTA” se separó del cv. Narok, del cual deriva. En Trichloris crinita la tasa de transferencia fue de un 7,3% de SSR diseñados en 9 especies Poáceas pertenecientes a diferentes subfamilias. Estos evidenciaron un 69% de polimorfismo. La clasificación molecular de los individuos fue coincidente con el sitio de colecta. Según el AMOVA, el 21% de la varianza molecular es explicada por la variabilidad entre las poblaciones, mientras que el 79% fue dentro de las mismas. Los resultados han permitido la transferencia de SSR diseñados en especies Poáceas de mayor importancia agronómica a Digitaria eriantha, Setaria sphacelata y Trichloris crinita. De este modo, se han podido obtener SSR informativos, lo que representa una herramienta novedosa disponible para su utilización en bancos de germoplasma y/o programas de mejoramiento para cada especie.
Subtropical forage species, adapted to different conditions of the Argentinian Northeast, Northwest and Central Semi-arid regions, are strategic for the development of regional and national cattle production. Programs for genetic improvement of these species are new and the accessibility of molecular markers such as SSR could contribute to the exact recognition of the available genetic variability. In this context, a SSR cross-amplification was carried out in Digitaria eriantha, Setaria sphacelata and Trichloris crinita. The transfered SSR, were assessed in different materials of each species. Grouping tests were carried forward with UPGMA, based on Dice (Digitaria and Setaria) and Jaccard (Trichloris) similarity coefficients and genetic relationships were visualized dendrogram. In Digitaria eriantha, the cross-amplification was of 7% of total of SSR assessed, being the developed SSR in Digitaria exilis (36%), Cenchrus ciliaris (27%) y Panicum maximum (18%) the ones that presented more transferability. The level of polymorphism was 95%. The individuals were classified in four groups. AMOVA showed that the genetic variability was 61% among the population (groups) and 39% within the groups. Forty percent of the SSR developed in Setaria italica were transferred to Setaria sphacelata, with an 85% polymorphism. Cultivars were genetically differentiated and the “INTA selection” of experimental material was separated from the cv. Narok, from which it was originated. The transferability rate for Trichloris crinite, was 7.3% of the SSR designed in nine Poaceae species belonging to several subfamilies. In this case, the polymorphism was 69%. Molecular categorization of the individuals was coincident with the collection area. According to the AMOVA, 21% of the molecular variance could be explained by variability among populations, while 79% represents the variability within them. Results allow cross-amplification of SSR designed in Poaceae species with greater agronomic relevance to Digitaria eriantha, Setaria sphacelata and Trichloris crinita. Therefore, informative SSR could be obtained, representing an innovative tool available to be used by germplasm banks and improvement programs.
Instituto de Genética
Fil: Randazzo, Cecilia Paola. Universidad Nacional de Luján; Argentina
Fil: Randazzo, Cecilia Paola. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; Argentina
Materia
Feed Crops
Genetic Improvement
Plantas Forrajeras
Mejoramiento Genético
Argentina
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
INTA Digital (INTA)
Institución
Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria
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Los análisis de agrupamiento se realizaron con UPGMA, basados en los coeficientes de similitud Dice (Digitaria y Setaria) y Jaccard (Trichloris) y las relaciones genéticas fueron visualizadas mediante dendogramas. En Digitaria eriantha, la transferencia fue 7% del total de los SSR evaluados, siendo los SSR diseñados en Digitaria exilis (36%), Cenchrus ciliaris (27%) y Panicum maximum (18%) los que mayor transferencia presentaron. El nivel de polimorfismo fue de 95%. Los individuos se clasificaron en cuatro grupos. El AMOVA mostró que la variabilidad genética fue de 61% entre las poblaciones (grupos) y el 39% dentro de las mismas. En Setaria sphacelata se transfirió un 40% de SSR desarrollados en Setaria italica, con un polimorfismo del 85%. Los cultivares se diferenciaron genéticamente y el material experimental “selección INTA” se separó del cv. Narok, del cual deriva. En Trichloris crinita la tasa de transferencia fue de un 7,3% de SSR diseñados en 9 especies Poáceas pertenecientes a diferentes subfamilias. Estos evidenciaron un 69% de polimorfismo. La clasificación molecular de los individuos fue coincidente con el sitio de colecta. Según el AMOVA, el 21% de la varianza molecular es explicada por la variabilidad entre las poblaciones, mientras que el 79% fue dentro de las mismas. Los resultados han permitido la transferencia de SSR diseñados en especies Poáceas de mayor importancia agronómica a Digitaria eriantha, Setaria sphacelata y Trichloris crinita. De este modo, se han podido obtener SSR informativos, lo que representa una herramienta novedosa disponible para su utilización en bancos de germoplasma y/o programas de mejoramiento para cada especie.Subtropical forage species, adapted to different conditions of the Argentinian Northeast, Northwest and Central Semi-arid regions, are strategic for the development of regional and national cattle production. Programs for genetic improvement of these species are new and the accessibility of molecular markers such as SSR could contribute to the exact recognition of the available genetic variability. In this context, a SSR cross-amplification was carried out in Digitaria eriantha, Setaria sphacelata and Trichloris crinita. The transfered SSR, were assessed in different materials of each species. Grouping tests were carried forward with UPGMA, based on Dice (Digitaria and Setaria) and Jaccard (Trichloris) similarity coefficients and genetic relationships were visualized dendrogram. In Digitaria eriantha, the cross-amplification was of 7% of total of SSR assessed, being the developed SSR in Digitaria exilis (36%), Cenchrus ciliaris (27%) y Panicum maximum (18%) the ones that presented more transferability. The level of polymorphism was 95%. The individuals were classified in four groups. AMOVA showed that the genetic variability was 61% among the population (groups) and 39% within the groups. Forty percent of the SSR developed in Setaria italica were transferred to Setaria sphacelata, with an 85% polymorphism. Cultivars were genetically differentiated and the “INTA selection” of experimental material was separated from the cv. Narok, from which it was originated. The transferability rate for Trichloris crinite, was 7.3% of the SSR designed in nine Poaceae species belonging to several subfamilies. In this case, the polymorphism was 69%. Molecular categorization of the individuals was coincident with the collection area. According to the AMOVA, 21% of the molecular variance could be explained by variability among populations, while 79% represents the variability within them. Results allow cross-amplification of SSR designed in Poaceae species with greater agronomic relevance to Digitaria eriantha, Setaria sphacelata and Trichloris crinita. Therefore, informative SSR could be obtained, representing an innovative tool available to be used by germplasm banks and improvement programs.Instituto de GenéticaFil: Randazzo, Cecilia Paola. Universidad Nacional de Luján; ArgentinaFil: Randazzo, Cecilia Paola. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; ArgentinaUniversidad Nacional de LujánAndrés, Adriana (directora)Pagano, Elba Maria (codirectora)Ingala, Lorena Romina (codirectora)2026-06-09T09:55:49Z2026-06-09T09:55:49Z2015info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/acceptedVersionhttp://purl.org/coar/resource_type/c_db06info:ar-repo/semantics/tesisDoctoralapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/20.500.12123/26530http://ri.unlu.edu.ar/xmlui/handle/rediunlu/349spainfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0)reponame:INTA Digital (INTA)instname:Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria2026-10-01T10:25:26Zoai:localhost:20.500.12123/26530instacron:INTAInstitucionalhttp://repositorio.inta.gob.ar/Organismo científico-tecnológicoNo correspondehttp://repositorio.inta.gob.ar/oai/requesttripaldi.nicolas@inta.gob.arArgentinaNo correspondeNo correspondeNo correspondeopendoar:l2026-10-01 10:25:27.39INTA Digital (INTA) - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuariafalse
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Subtropical forage species, adapted to different conditions of the Argentinian Northeast, Northwest and Central Semi-arid regions, are strategic for the development of regional and national cattle production. Programs for genetic improvement of these species are new and the accessibility of molecular markers such as SSR could contribute to the exact recognition of the available genetic variability. In this context, a SSR cross-amplification was carried out in Digitaria eriantha, Setaria sphacelata and Trichloris crinita. The transfered SSR, were assessed in different materials of each species. Grouping tests were carried forward with UPGMA, based on Dice (Digitaria and Setaria) and Jaccard (Trichloris) similarity coefficients and genetic relationships were visualized dendrogram. In Digitaria eriantha, the cross-amplification was of 7% of total of SSR assessed, being the developed SSR in Digitaria exilis (36%), Cenchrus ciliaris (27%) y Panicum maximum (18%) the ones that presented more transferability. The level of polymorphism was 95%. The individuals were classified in four groups. AMOVA showed that the genetic variability was 61% among the population (groups) and 39% within the groups. Forty percent of the SSR developed in Setaria italica were transferred to Setaria sphacelata, with an 85% polymorphism. Cultivars were genetically differentiated and the “INTA selection” of experimental material was separated from the cv. Narok, from which it was originated. The transferability rate for Trichloris crinite, was 7.3% of the SSR designed in nine Poaceae species belonging to several subfamilies. In this case, the polymorphism was 69%. Molecular categorization of the individuals was coincident with the collection area. According to the AMOVA, 21% of the molecular variance could be explained by variability among populations, while 79% represents the variability within them. Results allow cross-amplification of SSR designed in Poaceae species with greater agronomic relevance to Digitaria eriantha, Setaria sphacelata and Trichloris crinita. Therefore, informative SSR could be obtained, representing an innovative tool available to be used by germplasm banks and improvement programs.
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