Caracterización plastómica de especies de Paspalum (Poaceae) del grupo Notata

Autores
Perichon, María Constanza; Reutemann, Anna Verena; Daviña, Julio Rubén; Martínez, Eric Javier; Montenegro Valls, José Francisco; Rua, Gabriel Hugo; Caraballo Ortiz, Marcos A.; Romaschenko, Konstantin; Peterson Paul M.; Honfi, Ana Isabel
Año de publicación
2022
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
documento de conferencia
Estado
versión publicada
Descripción
Fil: Perichon, María Constanza. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; Argentina.
Fil: Reutemann, Anna Verena. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina.
Fil: Reutemann, Anna Verena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Botánica del Nordeste; Argentina.
Fil: Daviña, Julio Rubén. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas Químicas y Naturales; Argentina.
Fil: Martínez, Eric Javier. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias; Argentina.
Fil: Martínez, Eric Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Botánica del Nordeste; Argentina.
Fil: Montenegro Valls, José Francisco. Embrapa Genetic Resources and Biotechnology; Brasil.
Fil: Rua, Gabriel Hugo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Agronomía; Argentina.
Fil: Caraballo Ortiz, Marcos A. National Museum of Natural History, Smithsonian Institution; Estados Unidos.
Fil: Romaschenko, Konstantin. National Museum of Natural History, Smithsonian Institution; Estados Unidos.
Fil: Peterson Paul M. National Museum of Natural History, Smithsonian Institution; Estados Unidos.
Fil: Honfi, Ana Isabel. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; Argentina.
El grupo Notata s.l. del género Paspalum reúne a especies de interés forrajero que son morfológicamente muy similares entre sí y presentan diferentes niveles de ploidía en base a x=10. Se estudiaron los genomas del cloroplasto (plastomas) de seis especies del grupo, a partir del ADN genómico total. Se prepararon bibliotecas genómicas y se secuenciaron utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento (genome skimming). Las secuencias limpias fueron ensambladas de novo usando el programa NOVOplasty (versión 2.7.2) con dos tamaños de kmers (21 y 33 nucleótidos). Se logró ensamblar, circularizar y anotar siete genomas de cloroplastos de las siguientes especies: P. barretoi Canto-Dorow, Valls et Longhi-Wagner, P. cerradoense R. C. Oliveira et Valls y P. cromyorhizon Trinius ex Döll. con 2n=2x=20, P. ellipticum Döll con 2n=8x=80, P. minus E. Fourn. con 2n=5x=50, P. notatum Flüggé con 2n=2x=20 y 2n=4x=40. Los plastomas fueron anotados y visualizados utilizando los programas GESeq, IRSCREEN y OGDRAW. Las anotaciones incluyeron genes, pseudogenes y regiones invertidas entre otras. Los análisis genómicos en progreso incluyen comparaciones estructurales entre genomas, identificación de regiones propensas a mutaciones útiles para estudios poblacionales y evaluación de tipos de selección en los genes.
Materia
Grupo notata
Caracterización plastómica
Género Paspalum
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/ar/
Repositorio
Repositorio Institucional de la Universidad Nacional del Nordeste (UNNE)
Institución
Universidad Nacional del Nordeste
OAI Identificador
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