Librería para alineamientos de secuencias biológicas de a pares acelerada por extensiones vectoriales

Autores
Vicens, Juan Tomás
Año de publicación
2026
Idioma
español castellano
Tipo de recurso
tesis de grado
Estado
versión aceptada
Colaborador/a o director/a de tesis
Rucci, Enzo
Descripción
SSW es una librería popular para alineamientos de secuencias biológicas en el ámbito de la bioinformática, por sus prestaciones y funcionalidad. A pesar de su popularidad, SSW no ha evolucionado a la par de la tecnología de procesadores, ya que está implementada usando intrínsecas SSE. Este trabajo se enfocó en la migración de la librería SSW a instrucciones vectoriales AVX, analizando los desafíos asociados y presentando los detalles de implementación. A partir de dicho trabajo, se procedió al diseño de una nueva librería que sea funcionalmente equivalente a SSW pero capaz de explotar otros conjuntos de extensiones vectoriales. El siguiente paso consistió en evaluar su rendimiento en comparación con la versión original ante diferentes escenarios de prueba en dos equipos Intel diferentes. En particular, la versión AVX logró mejoras considerables de hasta 44% para las pruebas con proteínas. Si bien el nivel de mejora para el caso de ADN fue de mayor a menor, el perfilado realizado permitió identificar su posible causa, lo que da el primer paso para su solución. Este trabajo representa una prueba de concepto de que es posible incrementar el rendimiento de la librería original de forma transparente sacando provecho de extensiones vectoriales avanzadas. Al mismo tiempo, sienta las bases para el diseño y desarrollo de una nueva versión mejorada y extendida.
Asesor profesional: Manuel Costanzo
Licenciado en Sistemas
Universidad Nacional de La Plata
Facultad de Informática
Materia
Informática
Smith-Waterman
SIMD
Librería
SSE
AVX
Alineamiento de secuencias biológicas
Nivel de accesibilidad
acceso abierto
Condiciones de uso
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
Repositorio
SEDICI (UNLP)
Institución
Universidad Nacional de La Plata
OAI Identificador
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